لئوناردو، رافائل، مایکل‌آنجلو و داناتلو، چهار لاکپشت جهش‌یافته دوست‌داشتی که به دلیل قرار گرفتن در کنار مواد شیمیایی تغییر شکل دادخ و زیر نظر استاد اسپلینتر نینجا‌های فوق‌العاده‌ای شده‌اند باری دیگر از زیر چاه فاضلاب نیویورک بیرون آمده و برای مبارزه با کلن فوت (Foot Clan) وارد منطقه منهتن می‌شوند. هر یک از شخصیت‌ها دارای قابلیتی منحصر به فرد خواهند، به عنوان مثال شخصیت‌ لئوناردو قادر به آرام کردن زمان برای زدن ضربات بیشتر است. با توجه به گفته‌‌ی تهیه‌کننده‌ی بازی، یکی از مهمترین نکات بای نحوه‌ی صحیح استفاده از مهارت‌ها با کمک سایر لاکپشت‌ها است. در صورتی که در حالت تک‌نفره باشید می‌توانید کُمبو‌های لازم را با هوش مصنوعی سایر لاک‌پشت‌ها انجام دهید اما در صورت بازی به صورت آنلاین باید با هم‌گروهی‌های خود هماهنگ شوید. بالا رفتن از ساختمان‌ها، استفاده از دستگاه‌های مُدِرن برای شناسایی دشمنان، حرکت از روی کابل‌های برق، استفاده از چتری خاص برای پریدن از بالای ساختمان‌ها، قابلیت ارتقاءِ مهارت‌ها با استفاده از Battle Point (امتیازات آخر هر مرحله) و وجود شوریکن‌های مختلف با قابلیت‌هایی نظیر انفجار، تنها بخشی از گیم‌پلی سریع بازی را تشکیلی می‌دهند.