داستان Batman Arkham Knight بعد از وقایع آرکم سیتی (Arkham City) اتفاق می افتد. یک سال بعد از مرگ جوکر، بتمن که در نبود رقیب همیشگی خود دوباره به میدان بازگشته است. در این حال جمعی از دشمنان اصلی بتمن، یعنی Two-Face، Penguin و Harley Quinn نیز این فرصت را پیدا کرده اند که هر یک به دلیل خاص خود، باهم دیگر علیه بتمن متحد شوند. اما تهدید دیگری نیز متوجه شهر گاتام است. Scarecrow (مترسک) در شب هالووین، با گاز و بمب های ترس جدید خود، شهر را مورد تهدید قرار می دهد. این اتفاق باعث خارج شدن ۶ میلیون نفر از شهر گاتام می شود و حال بتمن به همراه پلیسی که تعداد نیروهایش به شدت کم شده است، باید گاتام را که از خلافکاران پر شده است، نجات دهند. ولی همه چیز به این جا ختم نمی شود. بتمن، حال باید با دشمن جدیدی رو به رو شود.

شاید بزرگترین تغییر در داستان بازی عدم حضور جوکر به عنوان ضد قهرمان اصلی بازی میباشد که در آن فرد جدیدی به نام شوالیه آرکهام به همراه مترسک تمام خلافکاران و تبهکاران معروف شهر را جمع کرده اند تا از شر قهرمان شهر گاتهام خلاص شود. مترسک، یکی از خطرناکترین و البته مهم‌ترین دشمنان Batman در بازی شوالیه آرکهام میباشد. نام اصلی وی دکتر جاناتان کرین است. او درگذشته به عنوان یک آدم قابل احترام و سطح بالای جامعه زندگی می‌کرده است. Dr.Crane یک روانشناس برجسته بوده و شاید یکی از دلایلی که می‌تواند او را نسبت به دیگر خلافکاران متمایز کند، همین موضوع باشد. چرا که به عنوان یک روانشناس ، او نحوه ارتباط برقرار کردن با هر نوع انسانی را به خوبی می‎‌داند. وی گازی سمی اختراع کرده که باعث ترسی تا سر حد مرگ برای افراد میشود اما ماسک وی برای محافظت در برابر همین گاز مورد استفاده قرار میگیرد. هر چند که در هنگام استفاده از این گاز با پوشیدن این ماسک چهره وی ترسناک تر شده و افراد مسموم شده را بیشتر به وحشت می اندازد اما دلیل مهم استفاده از این ماسک ترس دوران کودکی خود دکتر کرین از مترسک میباشد که به وضوح در فیلم بتمن به آن اشاره شده است. مطمئنا یکی از مهم ترین ویژگی های سری Arkham، محیط و مکان های طراحی شده برای آن بودند که حتی کوچک ترین جزییات نیز در آن ها با دقت طراحی شده بود و از همان نسخه اول، احساس گشت و گذار در یک محیط بزرگ را به بازیباز می داد و در هر نسخه نیز، مکان قابل گشت و گذار بزرگ تر می شد. این نسخه برخلاف نسخ قبلی که بخش کوچکی از شهر Gotham (گاتم) را نمایش می دادند، این نسخه کل شهر گاتم را با آن معماری خاص و ویژه اش به نمایش می گذارد.