اکنون 20 سال از حوادث Enemy Unknown می گذرد اما به نظر می‌رسد حوادث آنگونه که ما به یاد داریم اتفاق نیافتاده است. فارغ از پایان نسخه قبلی و پیروزی احتمالی گیمر، شروع XCOM 2 اشاره به شکست پروژه ایکس کام و پیروزی بیگانگان دارد، اتفاقی که در درجات سختی بالای نسخه قبلی و حالت Iron Mode در آن، چندان دور از ذهن نبود. به هرحال اکنون بیگانگان در پس سازمانی انسانی به نام ادونت به زمین حکمرانی می‌کنند، کسی از اهداف پشت پرده آنان خبر ندارد، سازمان یا ارتشی نیز توان مقابله با ادونت را ندارد، XCOM به ظاهر نابود شده و بشیریت چاره ای جز قبول سرنوشت شوم خود ندارد اما هنوز شما تسلیم نشدید و این بار نوبت شماست تا بار دیگر پروژه XCOM را بازسازی کنید و نقش ناجی بشریت را ایفا کنید. XCOM همانند سری Civilization یک استراتژی نوبتی است. به عبارت دیگر، با وارد شدن به هر منطقه، ابتدا بازیکن سربازهایش را حرکت داده و آنان را در مکان های مناسب جایگذاری می کند. سپس نوبت به حریف رسیده و حرکت خود را آغاز می نماید. برای درک بهتر این موضوع می توان بازی شطرنج را مثال زد