بازی Minecraft: Story Mode هم مانند تمامی عناوین Telltale Games، داستان محور است و بازی تماما با انتخاب های بازیکنان به پیش می رود. Minecraft: Story Mode درست همانند The Wolf Among Us و The Walking Dead از چند قسمت مختلف تشکیل شده است که به مرور زمان منتشر می شوند. بازی Minecraft: Story Mode شخصیت های جدیدی را با مضامین آشنا ترکیب خواهد کرد و تمامی آنها، از موارد خلق شده توسط جامعه Minecraft بدست آمده است، بازی که همچنان بر روی نسل های آینده هم تاثیر می گذارد. این عنوان داستان شخصیت Jesse و تعدادی از دوستانش را روایت می کند. این گروه موفق شده است که Ender Dragon را شکست دهد اما اکنون جهان بازی با یک تهدید جدی مواجه شده است. Jesse و دوستانش باید جلوی رخ دادن این موضوع را بگیرند و جهان را از نابودی نجات دهند. Telltale بیان کرده است که فضای این عنوان، به فیلم سینمایی Ghostbusters شباهت خواهد داشت.